Samuel est chercheur
en bioinformatique et a rejoint le LINA en octobre 2016 en tant que Chargé de Recherche CNRS (CR2) dans l’équipe ComBi (Combinatoire et Bioinformatique). Il a étudié la bioinformatique en Master à l’Université de Bordeaux 1 & 2 et a obtenu sa thèse à l’Université de Zurich pour ses travaux sur l’étude des écosystèmes microbiens par l’utilisation des technologies omiques dans le groupe du Prof. Christian von Mering.
Avant de rejoindre le LINA, Samuel a effectué son post-doctorat financé par le FWO (Fondation de la recherche Flamande) dans le groupe du Prof. Jeroen Raes au VIB et Université de Louvain (KU Leuven) où ses travaux se sont concentrés sur la caractérisation du microbiome des océans (projet Tara Oceans) et du microbiome intestinal (projet Vlaams Darmflora).
Son principal thème de recherche consiste à mieux comprendre le rôle, la structure et les fonctions des communautés microbiennes naturelles à différents niveaux d’organisation (gènes, espèces, réseaux) dans des écosystèmes variés tels que le système digestif humain mais aussi les océans à l’échelle globale.
Samuel utilise des approches de génomiques comparatives et fonctionnelles ainsi que des approches dites de biologie des systèmes pour mettre en évidence des principes d’organisation conservés à travers l’arbre phylogénétique microbien. Au LINA, il souhaite concevoir et construire des modèles informatiques pour développer une connaissance prédictive et dynamique des fonctions des communautés microbiennes par la modélisation métabolique. Ces approches permettront d’acquérir une compréhension mécanistique des interactions entre espèces microbiennes et du fonctionnement des écosystèmes microbiens en nous et autours de nous.
Samuel a choisi Nantes et le LINA pour poursuivre sa carrière de chercheur motivé par l’expertise de la jeune et dynamique équipe ComBi, qui continue à construire une expertise forte en bioinformatique dans le grand ouest. De plus, la création du nouveau laboratoire LS2N va permettre de donner d’avantage de visibilité aux travaux de recherche de l’équipe ComBi qui bénéficiera davantage de son intégration dans une structure menant des recherches variées dans les domaines de la communication et cybernétique mais aussi l’algorithmique et la modélisation.